Il certificato di malattia ha la funzione di giustificare l’assenza dal lavoro per garantire al lavoratore il diritto di non rendere la prestazione lavorativa per tutta la durata dell’eventi morboso.
Il certificato, tramite l’indicazione dell’indirizzo del lavoratore, consente l’effettuazione delle visite di controllo da parte dei sanitari iscritti agli appositi elenchi INPS e ASL.
Chi rilascia il certificato di malattia. Normalmente il certificato di malattia è rilasciato del medico curante, utilizzando l’apposito formulario, ma può essere rilasciato anche da medici diversi ai quali il lavoratore si sia rivolto per motivi d’urgenza, ovvero per esigenze correlate alla specificità patologica sofferta, come pure nel caso di certificati rilasciati all’atto della dimissione dall’ospedale o strutture di pronto soccorso.
Trasmissione telematica. Il medico è tenuto ad inviare la certificazione per via telematica. Il lavoratore deve richiedere il numero di protocollo identificativo del certificato inviato e fornirlo al proprio datore di lavoro.
Solo nel caso in cui per qualsiasi motivo non sia possibile inviare il certificato telematicamente, il medico o la struttura sanitaria rilasciano la certificazione in forma cartacea e il lavoratore è tenuto alla trasmissione dello stesso al proprio datore di lavoro e, se dipendente privato, all’INPS. 
Il lavoratore può inoltre continuare ad inviare il certificato di malattia in formato cartaceo, quando lo stesso viene rilasciato da medici privati non abilitati all’invio telematico o da strutture di pronto soccorso, nonché quando l’eventi di malattia comporta il ricovero ospedaliero.
Invio a mezzo di fax. La trasmissione del certificato tramite fax è considerata valida ai soli fini del rispetto del termine di invio, fermo restando che per  la concessione dell’indennità di malattia occorre che il certificato originale pervenga in tempo utile.
Ritardato rilascio o invio del certificato. L’indennità di malattia non spetta per i giorni non coperti dalla certificazione. Ne consegue che, in caso di ritardo, sono indennizzabili i primi due giorni e non lo sono quelli successivi. Se la certificazione proviene in ritardo sia al datore di lavoro che all’INPS, i giorni di ritardo sono computati avendo riguardo alla data di arrivo della certificazione pervenuta all’INPS. E’ facoltà del lavoratore addurre e provare l’esistenza di un giustificato motivo nel ritardato invio del certificato medico.
Se l’invio avviene per posta, fa fede la data di invio della raccomandata. La decorrenza del trattamento economico a carico dell’INPS (dal 4° giorno di malattia) è computata, in via di massima, dalla data di rilascio della relativa certificazione. Peraltro, l’INPS ammette la possibilità di riconoscere, ai fini erogativi l’indennità, la sussistenza dello stato morboso per il giorno immediatamente precedente a quello del rilascio del certificato.
In presenza di successivi certificati, per la continuazione della malattia, intervallati dalla giornata festiva o dal sabato e domenica in caso di settimana corta, si presume che i due periodi costituiscono un unico evento morboso.
Rilascio del certificato lavoratori UE. I lavoratori comunitari, cittadini degli altri Stati membri, sono considerati lavoratori nazionali. Tuttavia essi non hanno l’obbligo di far pervenire la certificazione in lingua italiana, ma possono presentarla in lingua originaria.
Rilascio del certificato di malattia in Paesi UE o convenzionati. Se la malattia si verifica in un Paese appartenente alla Unione Europea o che abbia stipulato apposita convenzione, deve presentare all’Istituzione estera, entro 3 giorni dall’inizio della malattia, idonea certificazione di malattia e deve essere munito della tessera Europea di assicurazione malattia. L’istituzione estera provvederà a trasmettere all’INPS la documentazione medica acquisita, compresi gli esiti di controlli eventualmente effettuati. Il certificato rilasciato dal medico o dalla struttura  sanitaria straniera è in tutto equiparato a quello nazionale e deve essere inviato senza necessità di traduzione o legalizzazioni, a condizione che tale obbligo sia espressamente escluso dalla convezione o accordo bilaterale. 
I paesi in questione sono: Islanda, Norvegia, Linchetenstein, Svizzera, Turchia, Argentina, Bosnia-Erzegovina, Brasile, Croazia, Jersey e isole del canale, Macedonia, Principato di Monaco, Repubblica di San Marino, Stato di Serbia e Montenegro, Tunisia, Uruguay, Venezuela
Rilascio del certificato di malattia in Paesi Extra UE. Se la malattia insorge durante il temporaneo soggiorno all’estero in un Paese non appartenente all’Unione Europea o che non abbia stipulato alcuna convezione o accordo specifico in materia, la corresponsione dell’indennità di malattia avviene solo dopo la presentazione all’INPS della certificazione originale, legalizzata a cura della sede diplomatica o consolare italiana. I lavoratori interessati devono trasmettere la certificazione alla rappresentanza diplomatica o consolare e al datore di lavoro entro 5 giorni.
La comunicazione al datore di lavoro. Tutti i contratti prevedono a carico del lavoratore l’obbligo di giustificare lo stato di malattia attraverso la tempestiva presentazione di un certificato medico, preceduto da una comunicazione dell’evento, la quale potrà avvenire anche in modo informale (ad esempio telefonicamente), ma l’invio del certificato deve avvenire tempestivamente secondo i termini fissati dai contratti nazionali di lavoro. 
L’obbligo non riguarda solo la comunicazione dell’inizio della malattia, ma anche la sua eventuale continuazione, anche se il CCNL di riferimento non dovesse prevedere tale obbligo.
L’indirizzo e i controlli. L’indicazione dell’indirizzo presso cui è possibile effettuare le visite di controllo è un obbligo che ricade sul lavoratore malato, il quale deve controllare la correttezza di quanto indicato dal medico, e, in mancanza, provvedervi direttamente. 
Questo può riguardare la residenza abituale o un luogo diverso (ad esempio la casa di un parente) purché espressamente specificato. 
Lo Statuto dei lavoratori vieta al datore di lavoro di disporre “accertamenti sull’infermità per malattia o per infortunio del lavoratore dipendente”. Gli accertamenti sanitari possono essere effettuati solo sita della malattia, ma non di formulare una prognosi sulla durata. Qualora il dipendente non accetti l’esito della visita di controllo, deve eccepirlo, seduta stante, al medico, che avrà cura di annotarlo sul reperto. Nel caso che il lavoratore non sia trovato a casa durante il controllo nelle fasce di reperibilità, il medico di controllo può consegnare l’invito a presentarsi alla visita di controllo ad un familiare convivente non minore di 14 anni ovvero al portiere dello stabile. Una stessa malattia può essere controllata più volte. Il datore di lavoro può richiedere l’effettuazione della visita di controllo già a partire dal primo giorno di assenza dal lavoro. 

Assenza ingiustificata. In caso di impossibilità ad eseguire la visita domiciliare per assenza del lavoratore all’indirizzo indicato o perché pur trovandosi a casa, lo stesso non risponde e non apre la porta, il medico incaricato dell’accertamento lascia apposito avviso ad un familiare convivente non minore di 14 anni, ad un vicino di casa, depositandolo nella cassetta delle lettere ovvero al portiere dello stabile, con il quale invita il lavoratore a presentarsi il giorno dopo presso il presidio ASL per la visita ambulatoriale. Mancata reperibilità al domicilio. La giurisprudenza si è occupata di una serie di circostanze in cui la visita non può essere regolarmente effettuata e di cui si da conto, a puro titolo indicativo, considerato che sono cause che possono comunemente verificarsi nella quotidianità.
Non giustifica l’assenza:

Assenze giustificate. Fermo restando l’obbligo di presenza al domicilio indicato durante le fasce di reperibilità, il lavoratore, per giustificati motivi, può allontanarsi nell’arco temporale dal proprio domicilio a condizione, però, che ne dia preventiva comunicazione al proprio datore di lavoro.
Le ragioni possono essere diverse tra cui:
la concomitanza di visite mediche o prestazioni e accertamenti specialistici
situazioni che abbiano reso imprescindibile e indifferibile la presenza del lavoratore altrove per evitare gravi conseguenze per se o per la propria famiglia. 
Sta poi al datore di lavoro valutare la natura e la valenza dell’impedimento e le conseguenti determinazioni circa l’accoglimento o meno delle giustificazioni. 
Assenza dal domicilio per recarsi dal proprio medico curante. Se la ragione dell’assenza alla visita di controllo è legata alla necessità di farsi visitare dal proprio medico curante, il lavoratore deve dimostrare che l’orario di apertura coincide con le fasce orarie; in ogni caso è utile darne preventiva informazione al datore di lavoro.
Conseguenze dell’assenza ingiustificata. L’assenza ingiustificata alla visita di controllo può dar luogo all’avvio di un procedimento disciplinare nei confronti del lavoratore che può portare alle seguenti conseguenze:
Assenza alla prima visita di controllo: perdita totale di qualsiasi trattamento economico per i primi 10 giorni di malattia
Assenza alla seconda visita di controllo: l’ulteriore assenza  determina, oltre alla precedente sanzione, la riduzione del 50% del trattamento economico per il residuo periodo
Assenza alla terza visita di controllo: perdita totale del trattamento economico
Oltre a questi provvedimenti i CCNL prevedono l’irrorazione delle sanzioni disciplinari nel caso di assenza, durante le fasce orarie di reperibilità, alla visita di controllo.

Specificità dipendenti pubblici
Il periodo di ricovero ed i giorni di convalescenza non sono soggetti alle trattenute economiche di legge, sono invece computati ai fini del superamento del periodo di comporto in i CCNL prevedono che esclusivamente le assenze per gravi patologie e per infortunio sul lavoro non vengono computate ai fini del limite massimo del diritto alla conservazione del posto.
Giova ricordare che la Corte di Cassazione con sentenza n. 1436/1998 ha stabilito che la nozione di “ricovero” è limitata ai casi di lunga degenza e terapie riabilitative, con esclusione pertanto delle situazioni contingenti.
Nel caso quindi un referto medico rilasciato dal Pronto soccorso indichi dei giorni di malattia, questi saranno soggetti alle ritenute economiche di cui all’art. 71 del decreto n. 112/2008 convertito in legge n. 133/2008.
Diverso potrebbe essere il caso di un intervento chirurgico sottoposto in regime di day hospital (quindi non un esame o visita specialistica ma un ricovero a fini operatori).
In questo caso il day hospital e la successiva convalescenza ricondotta nel certificato medico all’intervento subito non saranno soggetti alle ritenute economiche di cui all’art. 71 del decreto n. 112/2008 (i giorni saranno comunque computati ai fini del superamento del periodo di comporto).
Per ciò che riguarda invece l’accertamento della malattia attraverso la visita fiscale, l’obbligo da parte dell’Amministrazione di disporla fin dal primo giorno è riferito al solo caso di assenze che si verifichino nelle giornate immediatamente precedenti o successive a quelle non lavorative (se il giorno di malattia o uno dei giorni di malattia cada subito prima o subito dopo la domenica o altra festività).
In sintesi, non si procede alla decurtazione economica fino a 10 giorni nei seguenti casi:

Nota bene
La Corte Costituzionale con sentenza n. 120/2012 ha confermato la legittimità costituzionale della decurtazione in caso di assenze per malattia.
Pertanto, la decurtazione retributiva:

In merito alla trattenuta da non applicare per i giorni di assenza dovuti a convalescenza post-ricovero ospedaliero a seguito di ricovero o intervento chirurgico o altro fatto traumatico prescritta dalla struttura pubblica o dal medico curante, il Dipartimento della Funzione Pubblica, con parere n. 53 del 5/11/2008, ha affermato che in caso di ricovero ospedaliero, non riguarda in senso stretto soltanto i giorni di ricovero ma concerne il regime più favorevole previsto per le assenze per malattia dovute appunto a ricovero ospedaliero, con ciò comprendendo anche l’eventuale regolamentazione più vantaggiosa inerente il post-ricovero.
Pertanto nessuna decurtazione deve essere effettuata per i periodi collegati non solo al ricovero ospedaliero ma anche al post ricovero.
Non si procede alla visita fiscale nei seguenti casi:

Nota bene
Ai sensi del D.M. n. 206/2009 le fasce orarie di reperibilità per i pubblici dipendenti in caso di assenza per malattia sono dalle ore 9,00 alle ore 13,00 e dalle ore 15,00 alle ore 18,00.
L’obbligo di reperibilità sussiste anche nei giorni non lavorativi e festivi quando questi siano compresi nel periodo di malattia.
Come precisato dal Dipartimento della Funzione Pubblica con il Parere 15 marzo 2010, n. 12567, il dipendente pubblico esente dall’obbligo di reperibilità, in caso di assenza dal lavoro, può non ricevere la visita fiscale se ha trasmesso all’Amministrazione di appartenenza tutta la documentazione formale, consistente nella documentazione relativa alla causa di servizio, all’accertamento legale dell’invalidità, alla denuncia di infortunio e nel certificato di malattia che giustifica l’assenza dal servizio e che indica la causa di esenzione.
In caso contrario, anche se l’Amministrazione richiede l’accertamento fin dal primo giorno di malattia, nessuna sanzione è prevista per il dipendente esente da reperibilità che il medico dell’ASL non trova in casa.
Per ciò che invece riguarda il non invio al dipendente della visita fiscale se il periodo di convalescenza è ordinato dall’ospedale, pur non essendoci una norma specifica che ne vieti la disposizione da parte del Dirigente si dovrebbe ritenere quanto meno paradossale (e di conseguenza inutile) che una struttura sanitaria pubblica possa o debba accertare lo stato di malattia certificato da altra struttura pubblica.
Non concorrono alla determinazione del conteggio dei giorni di malattia nel periodo di comporto (18 mesi + 18 mesi per il personale a TI; 9 mesi o 30 giorni per il personale a TD):

Concorrono alla determinazione del conteggio dei giorni di malattia nel periodo di comporto:
Tutte le assenze di malattia non ricomprese nei casi sopra elencati (es. le infermità dipendenti da causa di servizio (per cui comunque spetta l’intera retribuzione), il ricovero ospedaliero, il dayhospital, i periodi di convalescenza, le visite specialistiche se imputate a malattia.
Nota bene
Al personale assunto a tempo indeterminato spetta la conservazione del posto per un periodo di 18 mesi nel triennio.
Durante tale periodo:

Al personale assunto a tempo determinato fino al 30/6 o 31/8 spetta la conservazione del posto per un periodo non superiore a 9 mesi in un triennio scolastico.
Per ciascun anno scolastico, il periodo è così retribuito:

Superato il limite di 30 giorni si avrà la risoluzione del rapporto di lavoro.
Non sono ricompresi nel periodo di comporto le assenze dovute a “gravi patologie”.
È utile una precisazione: è il particolare tipo di terapia salvavita, o assimilabile e/o temporaneamente o parzialmente invalidante a qualificare la gravità della patologia.
Non esiste dunque, allo stato, una elencazione e/o specificazione delle c.d. “gravi patologie”, mentre la gravità della patologia non può, in ogni caso, ritenersi rimessa alla valutazione discrezionale del Dirigente competente ad autorizzare l’assenza per malattia, ma deve essere accertata e certificata dal personale sanitario competente.
La gravità della patologia deve necessariamente essere collegata all’effettuazione di terapie che, per la loro natura e/o per le modalità di svolgimento possano risultare temporaneamente e/o parzialmente invalidanti per il dipendente.
Il dipendente dovrà quindi produrre una certificazione medica attestante sì la grave patologia, ma anche la prescrizione di terapie temporaneamente e/o parzialmente invalidanti. I due elementi devono dunque coesistere.
Ne consegue che l’assenza per malattia retribuita in caso di grave patologia è inerente esclusivamente a giorni di ricovero ospedaliero o di day hospital e giorni assenza dovuti alle conseguenze certificate delle terapie.
Pertanto ogni altro periodo di malattia non riconducibile a tali ipotesi, rientra nel calcolo del periodo di comporto.

Il medico di base rilascia gratuitamente tutti i certificati che sono necessari per legge, ovvero:

Sono invece a pagamento i certificati che sono richiesti a scopo di prevenzione o per altri fini, ma che non sono obbligatori per legge. Tra questi: