Le condizioni di salute di Sandro Pertini però non erano molto meglio. Anche il ricovero nel sanatorio giudiziario non aveva migliorato le cose che peggioravano di giorno in giorno e convinsero la madre a fare richiesta di grazia. Pertini rifiutò :

« Perché mamma, perché? Qui nella mia cella di nascosto, ho pianto lacrime di amarezza e di vergogna – quale smarrimento ti ha sorpresa, perché tu abbia potuto compiere un simile atto di debolezza? E mi sento umiliato al pensiero che tu, sia pure per un solo istante, abbia potuto supporre che io potessi abiurare la mia fede politica pur di riacquistare la libertà. Tu che mi hai sempre compreso che tanto andavi orgogliosa di me, hai potuto pensare questo? Ma, dunque, ti sei improvvisamente così allontanata da me, da non intendere più l’amore, che io sento per la mia idea»

Nel 1943, alla caduta del regime fascista, fu liberato. Partecipò alla battaglia di Porta San Paolo nel tentativo di difendere Roma dall’occupazione tedesca. Contribuì poi a ricostruire il vecchio PSI fondando insieme a Pietro Nenni il Partito Socialista Italiano di Unità Proletaria. Nello stesso anno fu catturato dalle SS e condannato a morte; riuscì a salvarsi grazie a un intervento dei partigiani delle Brigate Matteotti.